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商业保函，是由除银行以外的，实力雄厚的商业机构出具的保函，一般多为专业担保公司开具的公司保函，是商业机构信用担保。费用比银行办函便宜的多，有的可以低于50%以上。对与建筑企业来说，相对是比较节约成本的。
区别：银行保函是以银行信用为担保，承担人是银行。
而商业保函是除银行以外有信誉的，实力雄厚的商业机构出具的保函，以商业机构（担保公司）信用为担保，承担人是商业机构（担保公司）。
担保公司保函的取得较为容易，费用也较低，但由于其本质为商业信用担保，所以公信力较低。另外，公司保函大多有很强烈的地域特色，某一地区被承认的担保公司多是由当地相关部门如建委等批准，因而其出具的保函也只在本地区内被承认。
银行保函，由于其出具方的专业金融性质和实质担保的能力更强以及其银行信用等特点，因而公信力较担保公司出具的保函更强。所以，许多大型的工程招标过程中，甲方会指定要求乙方出据银行保函而非担保公司保函。与之相对应的是，银行保函的取得过程相对公司保函而言要求更为严格，最基本的要求是被保证方必须在保证银行方有足够的授信额度，如果没有授信额度则需要有不低于被保额度的存款准备，并且该存款在保函有效期内不可被动用。
目前国内银行保函大多用担保公司在银行授信开出，能开银行履约保函的，基本上只有建行，平安，光大等。部分招标文件要求开到基本户，涉及到银行保函的转开，只能建行操作。
通过担保公司办理银行保函不需要存全额保证金，只需要缴纳很低一部分费用即可。银行保函办理周期更长，费用相对更高。担保公司保函出函速度更快，费用低，办理灵活。
担保公司保函(商业保函）业务办理流程
一、委托人向担保公司提供相关基本资料；
（1）公司营业执（三证合一的）；
（2）企业资质证书；
（3）招标文件（提供电子版）；
（4）中标通知书；
（5）施工合同（封面、协议部分）；
（6) 大北京地区的实名管理通知书。
注：（资料1-6项适用于民工工资保函；资料1-4项适用于履约保函、业主支付保函；资料1-5项适用于预付款保函。如有合同，则无需提供招标文件和中标通知书）
二、签订委托担保保证合同。
三、缴纳担保费。
四、出具保函。
五、定期做保后管理。
商业保函（又称担保公司保函）是由具有雄厚实力、完善风险体系、良好信誉的专业工程担保公司开立的保函，与银行保函保证的内容和承担的责任一致。
按照开出主体不同，一般分为商业保函和银行保函。银泰工程担保可以办理商业保函以及银行保函。担保公司保函和银行保函主要区别有：
1、银行保函是银行信用，商业保函是商业信用。
2、银商业保函多用于国际贸易，用于国际担保业务。而商业保函多用于国内公司。
3、商业保函对比银行保函资料简单，办理速度快，费用更低。
4、商业保函格式条款等更加灵活，银行保函格式相对固定不易修改。
5、商业保函可以修改保函开具日期，银行保函不接受修改。
银行保函对企业资质要求高，三级资质履约保函、纯采购项目履约保函、民工工资保函、质量保修保函，银行在出具银行保函过程中，要求缴纳保证金。商业保函和银行保函起到的法律效力相同，相同条件下，办理商业保函费用便宜，更加快捷灵活。